El entorno natural en el que se enclava Doneztebe se caracteriza por un relieve suave, donde predomina la llanura. Sin embargo, la zona se encuentra rodeada por varios montes de mediana altura. Las cimas más destacables son Arantzoko, Askin, Kaserna, Mendaur, Otexon o Señorío de Bertiz.

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Su territorio se halla además en la confluencia de los ríos Ezkurra y Ezpelura donde nace el Galbaraialde confluyendo en el Bidasoa. Durante siglos este río actuó como camino natural hacia el mar Cantábrico entre los montes de la zona nororiental de Navarra. Hoy el Bidasoa, además de regar a su paso tierras navarras y guipuzcoanas, es muy visitado por los amantes de la pesca, que hallan en sus aguas abundante trucha y salmón.

Este valle goza de clima atlántico caracterizado por abundantes precipitaciones a lo largo de todo el año. Éstas aseguran el constante verdor de su vegetación, compuesta básicamente por pinos y hayas.

Una gran alternativa para disfrutar de la naturaleza en Doneztebe es seguir el curso del río Bidasoa hacia el sur donde, durante un largo recorrido, atraviesa la garganta “Erreka beltza“. Este paraje brinda unas hermosas vistas del valle y toda la calma del lugar.

Otra buena opción la ofrece el parque Intzakardi, muy frecuentado por los vecinos, especialmente durante la etapa estival. Se halla en pleno casco antiguo de la villa y en él conviven ejemplares de árbol autóctono con magníficos plataneros.